Müzenin kurulduğu bina, Taşınmaz Kültür ve Tabiat Varlıkları Yüksek Kurulu´nun 26.10.1984 tarih ve 466 sayılı kararı 80 nolu envanter numarası ile tescil edilmiş, Kentsel + III. Derece Arkeolojik Sit Alanı içerisindeki 456 ada 55 parselde bulunmaktadır.

  Bina 1860’ların başında Rumlar tarafından kız öğrenciler için okul olarak yapılmıştır.1925-1980 yılları arasında 14 Eylül İlkokulu olarak kullanılmış.2012 yılına kadar boş kaldığından viran duruma gelmiş olup, 2012 yılında İzmir İl Özel İdaresi ve Bergama Belediyesince restorasyonu yapılmıştır. 2013 Mart ayında restorasyon bitmiştir.

14 Eylül İlkokulu bünyesinde bulunan tarihi binada ikisi 50 m²´lik, biri 35 m²´lik üç adet salon, 22 ve 13 m²´lik iki oda bulunmaktadır. Bu bina içerisindeki salonlardan birinde müze oluşturulmuştur. Kurulan müze bu binaya tarihsel işlevi açısından ayrı bir anlam kazandırmıştır. Ayrıca bina içerisindeki diğer salon toplantı salonu olarak kullanılmaktadır.

Ayrıca binanın bodrum bölümüde mevcut olup depo olarak kullanılmaktadır.