Anadolu’daki Arkeolojik yerleşimler arasında en erken keşfedilen Antik kentlerden birisi olan Bergama’da, 1865 yılında Akropol’deki Bizans duvarı içinde, Zeus Sunağı’nın yüksek kabartmalarının bulunması sonucu, ilk araştırma ve kazılar başlamıştır. 1878-86 yılları arasında C. Humann ve A. Conze tarafından bu çalışmalar resmi kazılara dönüştürülmüştür. Bu kazılar sonrasında gün yüzüne çıkartılan eserlerin korunması amacıyla kazı evi bahçesinde küçük bir depo müze oluşturulmutur. 1900-13 yılları arsında W. Dörpheld, H. Hepding ve P. Schatzwann tarafından Akropol’de kazı çalışmaları yürütülmüştür.

1924 yılında arkeolojik eserlerin bir bölümü, şehir merkezinde yer alan ve 1934 yılında Halkevi Binası olarak kullanılmış olan binaya nakledilerek sergilenmeye başlanılmış, bir bakıma burada günümüz anlayışında Müzecilik hizmeti verilmeye çalışılmıştır. 1928 yılında bu müzenin yönetimine Osman Bayatlı getirilmiştir. O. Bayatlı etnografik eserleri de aynı binada toplayarak burasını Arkeoloji ve Etnografya müzesine dönüştürmüştür

 I. Dünya savaşı nedeni ile ara verilen kazı çalışmalarına 1927 yılında T. Wiegand başkanlığında yeniden başlanılmıştır. Akropol’de sürdürülen kazılar yanında Asklepion’da da kazı faaliyetlerinin başlaması sonucu ortaya çıkartılan eserlerin artması sebebi ile mevcut bina yetersiz kalmış ve yeni bir müze binasının yapılmasına gereksinim duyulmuştur.

 1932 yılında Bergama’ya gelen Mareşal Fevzi Çakmak konuyla yakından ilgilenerek müze kurulması için talimat vermiştir. Türk-Alman işbirliği çerçevesinde Mimarlar Bruno Meyer ve Harold Hanson tarafından hazırlanan proje kapsamında, Eski bir mezarlık alanı olan bugünkü yerinde İzmir Valisi Kazım Dirik’in istemiyle 1933 yılında Müzenin temeli atılmıştır. Binanın projesi, Zeus Altarı’dan esinlenilerek oluşturulmuştur. 1934 yılında Atatürk’ün Bergama’da askeri bir tatbikatı izlemeye geldiği sırada, Asklepion’u ziyaret etmiş ve aynı zamanda müze binasının inşaatının devam ettiğini görmüştür. 30 Ekim 1936’da yapımı tamamlanan Bergama Müzesi İzmir Valisi Fazlı Güleç tarafından ziyarete açılmıştır.

 II. Dünya Savaşı sebebiyle ara verilen kazı çalışmalarına 1957 yılında Erich Boehringer tarafından yeniden Akropol’de başlanılmıştır ve ortaya çıkarılan yeni buluntular müzemizde gerek sergilemede gerekse depolarda muhafaza edilmiştir. Yeni müze binasında arkeolojik eserler sergilenirken etnografik eserler ise Halk Evi binasında sergilenmeye devam etmiştir. 1979 yılında Müze’nin yan tarafına ek bir bina inşa edilerek, tüm etnografik eserlerin bu bina da sergilenmesi sağlanmıştır. Müze, iç avlu ve cephesinde yapılan değişiklikler sonucu yeni düzenlenmiş şekli ile 1999 yılında yeniden ziyarete açılmıştır.

Müze binası, merdivenlerle çıkılan yüksek bir platform üzerinde yer almaktadır. Kare şeklinde bir iç avlu ile onun etrafını çeviren ince uzun koridorlar, iki teşhir salonu ve bahçeden oluşmaktadır. Müze girişinden itibaren sol taraftaki koridor boyunca Hellenistik Dönem ile Roma ve Bizans Dönemi’ne ait mermer mimari eserler (İon ve Korinth sütun başlıkları, korkuluk levhaları, tepe akroteri, kabartmalar, masa ayakları, friz blokları v.b.), kadın ve erkek heykelleri, Zeus Sunağı’nın maketi ve Berlin’deki orijinal yapının fotoğraflarıyla canlandırılması, Demeter Kutsal Alanı’nın maketi yer alır. Bu koridorun sonunda sol tarafta Arkeolojik eser salonu bulunmaktadır.

Arkeolojik eser salonunda, teşhir edilen eserlerin büyük çoğunluğunu Akropol, Asklepion, Kızıl Avlu (Serapeion), Musalla Mezarlığı alanında yapılan kazılardan bulunan eserler oluşturmaktadır. Bunların yanı sıra Bergama’nın yakın çevresindeki Pitane (Çandarlı), Myrina, Gryneion (Yeni Şakran) antik kentleri ve son yıllarda Kestel ve Yortanlı Barajı göl alanında yapılan kazılarda ortaya çıkartılan eserler de teşhir edilmektedir.

 Teşhirde, sol taraftaki ilk vitrinde,  erken dönem eserleri olarak Eski Tunç Çağı’na tarihlenen Yortanlı kapları ve gaga ağızlı testileri göze çarpar. Pişmiş toprak çanak çömlek buluntuları, kronolojik bir düzen içinde sonraki vitrinlerde sergilenmektedir. Hellenistik Döneme ait pişmiş toprak figürünler (Myrina) ile Klasik, Hellenistik ve Roma Dönemi’ne ait pişmiş toprak kandillerin, cam eserlerin, bronz eserlerin, küçük buluntuların ( Kemik objeler, tıp aletleri, takılar), sikkelerin, mermer heykelciklerin yer aldığı vitrinler,  Arkeolojik eser salonu içinde birbiri ardınca sıralanmaktadır. Aynı salonda, Arkaik Devre ait Kuros heykeli, Nymphe ( su perisi, Allianoi Kurtarma Kazısı) heykeli ile tarihe mal olmuş önemli kişilere ait portreler, İmparator Hadrianus’un heykeli (Asklepion), Roma devrine ait kadın ( rahibe) heykelleri sergilenmektedir. Ayrıca Roma Dönemi’ne ait Medusa (Bakışlarıyla insanı taşa çeviren mitolojik yaratık)  Mozaiği salonun zeminine monte edilerek sergideki yerini almıştır.

Arkeoloji Salonundan çıktıktan sonra sola doğru devam eden koridor boyunca Bergama Akropolü’nden çıkartılan oturan kadın heykelleri, at heykeli ilk göze çarpan eserlerdir. Daha sonra Antik Dönem gömü geleneklerini yansıtan, Pers, Hellenistik ve Roma Dönemine ait figürlü mezar taşları, lahit ve osthotekler sergilenmektedir. Hellenistik Devir ve Roma Dönemi’ne tarihlenen onur ve adak yazıtları diğer önemli eserlerdir. Ayrıca Bergama’da şehir düzenlemesi ve idaresini anlatan Şehir Yasası’nın yer aldığı yazıt, teşhirde önemli bir yer teşkil etmektedir. Bu yazıtın orijinali Hellenistik Dönem’e ait olup Roma Dönemi’nde kopya edilmiş şekli elimize geçmiştir.

Teşhirdeki Prehistorik ve Arkeolojik devirlere ait küçük ve büyük boyutlu eserler Bergama ve yöresinin Eski Tunç Çağı’ndan günümüze kadar sürekli iskân edildiğini göstermesi açısından önemlidir. Bu konuda müze içinde, ziyarete gelenlere Bergama ve yakın çevresinin tarihi yapısını tanıtma amaçlı bilgi panoları yer almaktadır.

 Etnografya bölümünde Bergama ve yöresine ait geleneksel sosyal yaşamı, kültürel değerleri yansıtan zengin eser koleksiyonu bulunmaktadır. Bergama yöresinde bulunan Yörük, Türkmen, Çepni aşiretlerinin yöresel kıyafetleri, Bergama’ya ait gelin ve gündelik giysiler, Anadolu’nun önemli halı üretim merkezlerinden biri olan Bergama’nın Yuntdağı, Kozak, Yağcıbedir yöreleri olarak adlandırılarak tasnif edilmiş halı, kilim, heybe örnekleri, Bergama’nın tanınmış efelerinden olan Tuzcu Efe’nin Kurtuluş Savaşı sırasında kullanılmış şahsi kıyafetleri önemli eser gruplarını oluşturur. Ayrıca Bergama yöresinin geleneksel işleme sanatına ait örnekleri, takıları, günlük kullanım eşyaları da belli bir düzende sergilenmektedir. Eserler, Bergama yöresine ait gelenekselleşen sosyal konular eşliğinde mankenler aracılığıyla canlandırma yapılarak sergilenmektedir. Dört ayrı oda içerisinde kına gecesi,  efe oyunları, yöresel köy evinde halı tezgâhında dokuma işlemi ile geleneksel Türk evi içindeki mutfak düzeni içinde yörenin geleneksel giyim kuşamı, kullanılan kap kacaklar, işleme sanatının güzel örnekleri gibi birçok malzeme kullanılarak kompozisyon oluşturulmuştur. Ayrıca salona girişte, karşılıklı yer alan açık platformlar üzerinde yine yöreye özgü dokuma ve aş pişirilme sahnesi yine mankenler yoluyla canlandırılmaya, yaşatılmaya çalışılmıştır.

 Bergama Müzesi’nde iç mekân sergilemesinin yanı sıra iç avlu ve bahçesinde de çeşitli kültür dönemlerine ait taş eserlerin sergilenmesine yer verilmiştir.