Athena Kutsal Alanının kuzey galerisine bitişik olarak yapılan kütüphane ile Pergamonun ana tapınağı aynı zamanda bir bilim tapınağı olmuştur.
Pergamon Kraliyet kütüphanesi olarak anılan bu kütüphanede antik kaynaklara göre 200 bin rulo kitap bulunmaktaydı. Yazım malzemesi olarak kullanılan papirüsün, İskenderiye ile Pergamon arasındaki rekabetten dolayı Pergamona gönderilmemesi sonucunda, Pergamon Krallığı da hayvan derisinden elde edilen parşömeni icat ederek kitap yazımına devam etmiştir. Pergamon Krallık Kütüphanesi yine antik kaynaklardan öğrendiğimiz kadarıyla M.Ö. 41-40 yıllarında Doğunun Romalı hakimi Antonius tarafından Kraliçe Kleopatraya hediye edilmiştir.